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FlashDeconv:用随机素描实现百万级空间转录组去卷积#1144

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@cafferychen777

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文章简介

本文介绍空间转录组去卷积工具 FlashDeconv,它通过结构保持的随机素描(randomized sketching)实现了 O(N) 的时间复杂度,能在 3 分钟内完成百万级数据点的分析。

主要内容

  1. 空间转录组去卷积问题的背景介绍
  2. FlashDeconv 的性能基准测试(1M 位点仅需 3 分钟)
  3. 核心算法原理:
    • Log-CPM 标准化与杠杆分数基因选择
    • CountSketch 随机素描压缩
    • 稀疏图拉普拉斯空间正则化
    • Numba 加速的块坐标下降优化
  4. 快速上手指南与调参建议

作者信息

  • 作者: 陈洋
  • 单位: Texas A&M University

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