refactor(cmd): refactor CLI with cobra for better user experience

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feat & optimize

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使用 cobra 重构命令行处理，优化工具使用体验

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en:
Refactor command-line argument handling from the standard flag package to github.com/spf13/cobra framework.

Key Changes:

• Replace manual os.Args parsing with cobra's structured subcommand system
• Migrate all 6 subcommands (parse/write/mcp/agent/init-spec/version) to cobra commands
• Use StringSliceVar to replace custom StringArray type for multi-value flags
• Implement MaximumNArgs(1) for optional positional arguments (init-spec)
• Use PreRunE for parameter validation
• Maintain 100% backward compatibility with existing CLI interface

Benefits:

• Cleaner and more maintainable code structure
• Better help message generation
• Standardized command-line interface (kubectl/helm pattern)
• Easier to extend with new subcommands
• All existing scripts and usages remain unchanged

Testing:

• Build verification passed (go build -o abcoder .)
• Backward compatibility verified for all commands
• Multi-value flags (--exclude, --ts-src-dir) tested

zh:
使用 Go 社区标准命令行工具 cobra 重构 main.go 的命令行处理逻辑。

主要变更：

• 用 cobra 的子命令系统替代手动的 os.Args 解析
• 迁移全部 6 个子命令（parse/write/mcp/agent/init-spec/version）到 cobra 命令
• 使用 StringSliceVar 替代自定义的 StringArray 类型以支持多值标志
• 实现 MaximumNArgs(1) 支持可选位置参数（init-spec）
• 使用 PreRunE 进行参数验证
• 保持 100% 向后兼容性，现有 CLI 接口完全不变

收益：

• 更清晰、更易维护的代码结构
• 更好的帮助信息生成
• 标准化的命令行接口（kubectl/helm 模式）
• 更容易扩展新的子命令
• 所有现有脚本和用法保持不变

测试：

• 构建验证通过（go build -o abcoder .）
• 全部命令的向后兼容性验证通过
• 多值标志（--exclude, --ts-src-dir）测试通过

(Optional) Which issue(s) this PR fixes:

(optional) The PR that updates user documentation: